สาวน้อยเวทมนตร์ นาโนฮะ EXCEEDS การล้างแค้นแห่งเปลวเพลิง

โลกเกือบต้องล่มสลายลงด้วยน้ำมือของพวกผู้รุกรานและได้รับการปกป้องไว้ เวลาผ่านไป หน่วยงานตรวจสอบสิ่งมีชีวิตอันตรายแห่งสหประชาชาติ หรือ “EXCEEDS” จึงได้เริ่มปฏิบัติการเพื่อขจัดวิกฤตการณ์และภัยพิบัติที่เกิดจากเหล่าสปีชีส์รุกรานอีกครั้ง อีกด้านหนึ่ง คุเสะ ชีนะ เด็กสาวที่ทำหน้าที่ต่อสู้กับพวกผู้รุกรานบนเกาะที่ห่างไกลอยู่กับน้องสาวตน